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BLAST中tblastn和tblastx的区别有哪些

lewis 7年前 (2019-01-19) 阅读数 11 #程序编程
文章标签 BLASTtblastntblastx

tblastn和tblastx都是基于BLAST算法的工具,用于在蛋白质数据库中搜索与一个核酸序列相关的蛋白质序列。

tblastn是在核酸序列上执行的蛋白质到蛋白质的比对。它将输入的核酸序列翻译成六个可能的蛋白质序列,然后与蛋白质数据库中的序列进行比对。这种方法适用于在核酸序列中寻找蛋白质编码区域。

tblastx是在核酸序列上执行的核酸到蛋白质的比对。它将输入的核酸序列转换为六个可能的蛋白质序列,并与蛋白质数据库中的序列进行比对。与tblastn相比,tblastx能够检测到更多的序列相似性,因为它考虑了核酸序列中的所有六种翻译。

因此,tblastn适用于在核酸序列中寻找蛋白质编码区域,而tblastx适用于在核酸序列中寻找与蛋白质序列相关的相似性。

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